L’Assemblea generale è l’organo di indirizzo e di controllo politico-amministrativo del Consorzio, è costituita dai rappresentanti dei 105 Comuni consorziati e ogni Comune ha un solo rappresentante in seno all'Assemblea generale.

Il Consiglio Direttivo è l'organo esecutivo del Consorzio, viene eletto ogni cinque anni dall'Assemblea Generale ed è composto di nove consiglieri, dei quali tre di diritto (i Presidenti delle Assemblee di Vallata) e sei, due per Vallata, nominati tra i membri dell'Assemblea Generale.

Presidente del Consorzio è Michele Bontempelli. Vicepresidenti, come previsto dallo statuto, sono i presidenti della tre Vallate: Rinaldo Maffei (Vallata dell'Adige), Vittorio Stonfer (Vallata dell'Avisio) e Aldo Webber (Vallata del Noce).